ประเทศที่ได้รับผลกระทบจากการระบาดของ Covid จะต้องเล่นการแข่งขันแอฟริกาคัพออฟเนชั่นแม้ว่าจะมีผู้เล่นเพียง 11 คนก็ตาม แนวทางใหม่จากการแข่งขันของสมาพันธ์ฟุตบอลแอฟริกัน จะยังคงดำเนินต่อไปแม้ว่าจะไม่มีผู้เล่น 11 คนเป็นผู้รักษาประตูก็ตาม ประเทศใดที่ไม่สามารถทำตามตารางการแข่งขันได้จะถูกริบเกม 2-0

มีการออกคำแนะนำหลังจากหลายประเทศรายงานกรณีของ Covid ก่อนการแข่งขันจะเริ่มในวันอาทิตย์ Caf กล่าวว่าในกรณีพิเศษ คณะกรรมการจัดการแข่งขันจะทำการตัดสินใจที่เหมาะสม อียิปต์เลื่อนการเดินทางออกสำหรับทัวร์นาเมนต์ซึ่งจัดขึ้นที่แคเมอรูน และถูกบังคับให้ยกเลิกการฝึกซ้อมหลังจากมีรายงานผู้ป่วย coronavirus ในค่ายของพวกเขา ฟาโรห์ซึ่งชนะการแข่งขันถึงเจ็ดครั้ง ในที่สุดก็บินไปแคเมอรูนในวันเสาร์ ปิแอร์-เอเมอริค โอบาเมย็อง กองหน้าอาร์เซนอล เป็นหนึ่งในสองผู้เล่นที่มีผลตรวจเป็นบวกในทีมชาติกาบองเมื่อวันพฤหัสบดี กินีถูกบังคับให้ทิ้งมิคาเอล ไดเรสทัม กองหลัง มอร์เลย์ ซิลลา กองกลาง และเซดูบา ซูมาห์ กองหน้าไว้ที่ฐานฝึกซ้อมในรวันดา